Riparte la stagione europea della Roma e inizia con la trasferta di Berna, quella che sulla carta è la sfida più difficile del girone. Lo Young Boys non sta però vivendo il suo miglior momento e con due pareggi in quattro partite si trova a dover ricorrere il San Gallo. Ci fu un anno però dove i bernesi riuscirono ad arrivare tra le prime quattro d’Europa.
Alla fine degli anni ’50 lo YB era una delle squadre più forti di Svizzera e la vittoria del titolo nazionale 1957-58 li proiettò nella Coppa dei Campioni dell’anno seguente. Nel primo turno vennero sorteggiati con il Manchester United, ma i Red Deviles decisero di disertare la gara. Gli inglesi infatti erano stati inseriti nella competizione per volere dell’Uefa dopo la tragedia aerea di Monaco di Baviera ma alla fine decisero di non partecipare per rispetto delle altre qualificate. Lo Young Boys dunque si ritrovò catapultato direttamente agli ottavi di finale dove se la sarebbe vista con l’MTK Hungária, attuale MTK Budapest. Nell’andata in Ungheria gli svizzeri disputarono una grande partita trovando un’importante vittoria per 1-2 con Zahind che a dieci minuti dal termine trovò la rete del successo. Il ritorno fu una semplice formalità con gli uomini allenati da Albert Sing che vinsero ancora con un netto 4-1 e una doppietta di Ernst Wechselberger. Nei quarti di finale ci fu la sfida con i tedeschi dell’est del Karl Marx-Stadt, attuale Erzgebirge Aue, e la qualificazione fu ben più sudata. Nell’andata a Berna, dopo essere passati in vantaggio con Meier, gli svizzeri vennero schiacciati dai rivali che ribaltarono il risultato ma negli ultimi minuti di partita Gilbert Rey trovò il suo primo gol nella competizione e pareggiò i conti per 2-2. Il ritorno in Germania Est finì 0-0 e non essendo ancora stata inventata la regola dei gol in trasferta si andò allo spareggio sul neutro di Amsterdam. Meier e Wechselberger segnarono nel primo tempo le decisive reti per il passaggio del turno e fu vano il rigore nella ripresa di Tröger, lo Young Boys era tra le prime quattro d’Europa.

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In semifinale affrontò i finalisti del 1956 del Reims e davanti a sessantamila spettatori a Berna vinse per 1-0 con rete ancora una volta di Eugen Meier e il popolo elvetico accarezzò l’idea di andare in finale di Coppa dei Campioni. La maggiore esperienza dei francesi però fu decisiva nel ritorno con la squadra di Albert Batteux che distrusse gli svizzeri con un perentorio 3-0 e si guadagnò la rivincita contro il Real Madrid.
Lo Young Boys aveva fatto un’impresa interrottasi a pochissimo dalla finale, ma dalle parti di Berna le gesta di quei ragazzi del 1959 non sono state dimenticate.